Supongo que quiere preguntar por qué los vascos no están relacionados con los que viven a su alrededor.
La respuesta simple es que no es cierto y lo son. Donde quiera que vayas en el País Vasco, encontrarás apellidos que no son vascos. Lo mismo se aplica en la otra dirección. Toda la península está cubierta de apellidos vascos y los nombres vascos se encuentran en todo el sur y norte de América.
En cuanto a las diferencias genéticas, las diferencias son rasgos, es decir, con frecuencia son marcadores genéticos detectables que no suelen aparecer en otros lugares. Eso no significa que todos tengan estos marcadores, solo que están agrupados en la región. Eso no significa que no esté relacionado. Simplemente implica una falta de migración desde una región.
En el pasado lejano entonces sí, estaba bastante aislado. Sin embargo, la homogeneidad es bastante normal en las poblaciones rurales de todo el mundo, no solo en el País Vasco. Las principales invasiones aparte, las poblaciones del mundo se han movido lentamente en la mayoría de los lugares. Esto tiene cierta lógica, ya que las personas de familias de agricultores simplemente no tuvieron mucho tiempo para buscar socios y los viajeros fueron la excepción y no la regla.
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Los vascos son ligeramente inusuales porque parecen haber permanecido en la misma zona durante unos 5000 años aproximadamente. Incluso se movieron sin embargo. Parecen haber sido originarios del área de los Pirineos más altos pero, en algún momento, colonizaron gradualmente el área montañosa (un poco menos) hacia el oeste.
El aislamiento proviene de la geografía. Al norte, en Francia, puede encontrar algunas de las tierras agrícolas más ricas de Europa. Al sur tienes Castilla, Rioja y el Valle del Ebro, también ricas regiones agrícolas.
Estas áreas relativamente ricas de buenas tierras de cultivo tienen una franja de colinas empinadas, montañas y pequeños campos, pero en su mayoría montañas rocosas no cultivables emparedadas entre ellas. Gran parte de esta tierra era adecuada solo para el pastoreo de ovejas o cabras y habría significado recolecciones magras para los invasores. La tierra pobre también habría significado una población bastante escasa también. También es más frío y más húmedo que las áreas al norte y al sur. Además de todo esto, el terreno es sobre todo una serie de montañas y valles empinados, aunque es un dolor viajar.
Dado todo esto, no es una sorpresa que no haya mucho contacto con el mundo exterior. Estoy especulando, pero sospecho que sus vecinos simplemente no pensaron que valiera la pena el esfuerzo de invadirlo.
Sin embargo, parte de ella fue invadida y sabemos que los romanos se encontraban o fundaron varios lugares, como Pamplona y Vitoria, grandes llanuras abiertas rodeadas de montañas. Los romanos sabían lo que estaban haciendo.
La historia reciente ha cambiado esto un poco. La revolución industrial cambió radicalmente las cosas y la inmigración al país vasco en los últimos 50-60 años ha sido importante.