Personalmente, trato de recordar comenzar mis respuestas con “Gracias por su correo electrónico“, pero “Gracias por su nota” también funciona. Este es el por qué:
Un correo electrónico es una forma de comunicación escrita. Antes de la era digital, las personas escribían (o anotaban) las respuestas en papel (porque eso era todo lo que había). Por lo tanto, el dicho “apunta una nota”. Entonces, cuando alguien dice “gracias por tu nota”, simplemente está diciendo gracias por tomarse el tiempo de escribirles un correo electrónico.