¿Cuál es la mejor manera de responder a un correo electrónico de agradecimiento?

La mejor respuesta es ninguna.

O podrías agradecerles por agradecerte, pero luego tendrían que averiguar qué decir a continuación, y probablemente solo se resolverían para no volver a comunicarse contigo

“De nada, fue un placer” =)