No todos los episodios psicóticos han empeorado la cognición después de cada episodio. Sin embargo, se ha demostrado que, en promedio, las personas con esquizofrenia tienen un rendimiento cognitivo disminuido después de un episodio psicótico de larga duración, especialmente si se retrasa el tratamiento con antipsicóticos.
Según nuestra comprensión actual, la psicosis es neurotóxica para el cerebro, especialmente si no se trata y es de larga duración. Aunque se desconoce el mecanismo exacto, una mayor duración de la psicosis no tratada se ha relacionado con la reducción de la materia gris y la disminución de la actividad cortical en los lóbulos frontal y temporal. En general, las neuronas perdidas por la toxicidad lamentablemente nunca se recuperarán. Este hecho subraya la importancia de iniciar el tratamiento antipsicótico en forma temprana y adherirse a un régimen eficaz.