Si bien ambas son oraciones imperativas, “estar sentado” es mucho más pasivo y le pide a la persona que asuma una posición (sentado), en lugar de dirigir a una persona a tomar una acción específica (sentarse).
También puede haber algún tipo de asociación psicológica con el término “sentarse”, ya que es un comando que se usa más comúnmente para que los perros se sienten (al menos en los EE. UU.).