Estar cómodo con alguien no sugiere automáticamente nada más que eso: estar cómodo con esa persona. ¿Y si ella realmente confía y confía en él? Yo diría que eso es algo muy bueno. Pero no tenemos suficiente contexto sobre los individuos, ni su definición de “demasiado cómodo”, por lo que no podemos darle una respuesta precisa.
Por cierto, no hay tal cosa como ser “zonificado como amigo”. Es solo un término usado por personas que no pueden superar el hecho de que han sido rechazados.