Las dos palabras son similares, ya que tanto el prejuicio como el fanatismo indican algún tipo de estrechez mental . Transmiten significados relacionados pero no idénticos.
El prejuicio es una idea o concepto que proviene de una experiencia limitada o parcial sobre algo o alguien. La intolerancia sugiere una acción que es erróneamente excluyente, injustamente crítica, moralmente reprochable. Se puede decir que un intolerante actúa como lo hace, con intolerancia, debido a sus propios prejuicios . El fanatismo racial viene de los prejuicios raciales, el fanatismo religioso viene de los prejuicios religiosos, y así sucesivamente.